工程合同纠纷案件拖欠工程款的处理：在诉讼时效内向法院起诉，如果起诉后仍不执行法院判决，可以申请法院强制执行。

【法律依据】

《合同法》第二百八十六条，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。