农村集体土地使用权登记发证存在的问题如下：

1、农村土地确权登记分属不同部门，确权的主体和性质尚不明晰；

2、确权登记认识尚不统一、基层推动此项工作的积极性不高；

3、确权登记中遇到的政策性矛盾突出，工作力量和投入经费严重不足；等等。

【法律依据】

《土地管理法》第十条规定，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。