检察院保留的侦查权主要适用的案件有非法拘禁罪，非法搜查罪，刑讯逼供罪，暴力取证罪，虐待被监管人罪，滥用职权罪，玩忽职守罪，循私枉法罪，执行判决、裁定失职罪，私放在押人员罪，徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行罪，失职致使在押人员脱逃罪等罪行。

【法律依据】

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十八条：刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。