正当防卫存疑不起诉检察院是不会采取强制措施的，根据《刑事诉讼法》的规定，对于不起诉的在押人员应当立即释放。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第一百七十八条规定，不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。