违反协议的相关约定，依照《合同法》的有关规定，肯定是要支付违约金和中介公司的佣金的，因为中介公司作为居间方，没有存在过错，买卖双方佣金的支付都应该由违约方承担。

【法律依据】

《合同法》第四百二十四条，居间合同是居间人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。