被告人上诉后二审检察院还能撤回起诉，根据《民事诉讼法》第191条，在二审程序中当事人因和解而提出撤诉，符合撤诉条件的，人民法院应予准许。

如果二审中，一审原告是上诉人，必须在撤回二审上诉的同时，撤回一审起诉，二审法院会裁定准予撤回二审上诉或准予撤回一审起诉。

如果二审中，一审原告是被上诉人，必须一审被告撤回上诉，一审原告才能撤回一审的起诉。