民营企业公司股份转让的程序如下：

1.股东向公司董事会提出申请。

2.签订股权转让协议。对转让股权的数额、价格、程序、双方的权利和义务做出具体规定，使其作为有效的法律文书来约束和规范双方的行为。

3.收回原股东的出资证明，发给新股东出资证明，对公司股东名册进行变更登记，注销原股东名册，将新股东的姓名或名称，住所地及受让的出资额记载于股东名册，并相应修改公司章程。

4.将新修改的公司章程，股东及其出资变更等向工商行政管理部门进行工商变更登记。