在防控新型冠状病毒感染肺炎疫情工作中单位有以下义务：

1、发现传染病人或者疑似传染病病人时有如实报告的义务；

2、配合采取应急处置措施的义务；

3、配合取证的义务；等等。

【法律依据】《传染病防治法》第三十一条规定，任何单位和个人发现传染病病人或者疑似传染病病人时；

应当及时向附近的疾病预防控制机构或者医疗机构报告。