新型冠状病毒感染肺炎疫情防控中单位的义务如下：

1、发现传染病人或者疑似传染病病人时有如实报告的义务；

2、配合采取应急处置措施的义务；

3、配合取证的义务；等等。

【法律依据】《传染病防治法》第十六条规定，国家和社会应当关心、帮助传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人；

使其得到及时救治。任何单位和个人不得歧视传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人。

传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人，在治愈前或者在排除传染病嫌疑前；

不得从事法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作。