在购房合同补充条款签订的时候应该注意的问题有：

1.要明确按揭办不下来的话，双方的责任；

2.明确房屋所有权证办理的时间；

3.应该明确的把售楼书和其他广告的内容写进补充协议里去；

4.明确关于公摊建筑面积；

5.明确退房的责任。

【法律依据】

根据《合同法》第四十四条，依法成立的合同，自成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。