公司自治与公司法的关系是公司的经营要受公司法的约束，公司可以依法进行公司自治，公司章程是静态公司下的自治，而股东会、董事会决议则是动态公司下的自治，两者相辅相成。

根据《公司法》第五条，公司从事经营活动，必须遵守法律、行政法规，遵守社会公德、商业道德，诚实守信，接受政府和社会公众的监督，承担社会责任。