异议股东行使股权回购请求权的程序如下：
1、股东对异议决议明确提出反对意见；
2、在自股东会会议决议通过之日起六十日内向公司主张股权回购请求权。
【法律依据】
《公司法》第二十二条规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。
股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。
公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。