债权人行使撤销权的纠纷的处理方法如下：
1、协商解决；
2、申请调解；
3、向人民法院提起诉讼。
【法律依据】
《合同法》第七十四条规定，因债务人放弃其到期债权或者无偿转让财产，对债权人造成损害的，债权人可以请求人民法院撤销债务人的行为。债务人以明显不合理的低价转让财产，对债权人造成损害，并且受让人知道该情形的，债权人也可以请求人民法院撤销债务人的行为。
撤销权的行使范围以债权人的债权为限。债权人行使撤销权的必要费用，由债务人负担。