公司以病假为由扣工资是不合法的。

《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条款规定：在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障；

被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。

《人力资源社会保障部办公厅关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》第一条规定：

对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施；

导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬，并不得依据劳动合同法第四十条、四十一条与职工解除劳动合同。

在此期间，劳动合同到期的，分别顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或者政府采取的紧急措施结束。