公安机关扣押车辆的处理方法如下：

1、如果作为作案用嫌疑车辆扣押，如果与案件无关，那么在3日之内返还；

2、如果属于作案工具等，车辆随案件走程序，最终由法院判决处理。

【法律依据】

《道路交通安全法》第七十二条规定，公安机关交通管理部门接到交通事故报警后，应当立即派交通警察赶赴现场，先组织抢救受伤人员，并采取措施，尽快恢复交通。

交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查，收集证据；因收集证据的需要，可以扣留事故车辆，但是应当妥善保管，以备核查。

对当事人的生理、精神状况等专业性较强的检验，公安机关交通管理部门应当委托专门机构进行鉴定。鉴定结论应当由鉴定人签名。