双方已经达成调解协议，但一方在协议履行阶段反悔，重新向法院起诉，一般这种情况，法院会遵循公平公正的原则，按照协议的约定处理。

【法律依据】《合同法》第八条规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。

当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同，受法律保护。