孕妇被扣年终奖不合法，年终奖是奖励性待遇，是根据公司管理规定执行由单位自行发放，没有法律规定一定要发放年终奖。员工的工资被扣的那么员工可以申请劳动仲裁进行维权。

【法律依据】

《工资支付暂行规定》第十一条，劳动者依法享受年休假、探亲假、婚假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。