当开票当月作废发票的时候，可以直接将发票作废即可，当跨月以后，就只能给开具红字发票进行负数冲平。增值税专票由于有抵扣有效期限，当发票需要作废时一定尽早进行冲销，在开票系统中操作如下：
如果在多台电脑上使用开票税盘，为了保证信息的准确性，先同步税盘发票信息。发票管理——发票修复——增值税专票/普票分别修复。请注意修复选择的时间区间稍微大一点。
在“发票管理”——“红字发票管理”——"增值税专票红字信息填开"中可以选择是购方还是销方，一般情况下如果购方已经进行了抵扣则由购方开红票，未抵扣由销方开红票。我的发票未抵扣所以选择销方，录入发票信息查找到发票，并有信息提示是否可冲红。
系统会自动引入发票信息，需核对发票金额税额等与原发票是否一致。如果没有引入信息，可能是第一步发票信息未同步。也可手工录入信息，一定确保信息金额一致。信息确认无误后点击上传，“审核通过”可进行下一步。如果未通过需要仔细检查发票是否重复申请冲销，信息是否正确，对方是否已抵扣等。
在“发票管理”——“红字发票管理”——"增值税专票红字信息下载"界面将第3步生成的红字信息文件下载保存到电脑上，准备开具红字发票。
在“发票管理”——“发票填开”——“增值税专票填开”中，上方导航栏“负数”——“导入开具”，将第4步导出的信息文件选中导入，导入后将票面不完整的信息(比如地址电话等)补充完整，打印发票。
如果是普票需要红冲则比较简单了，直接在“发票管理”——“发票填开”——“增值税普票填开”中，上方导航栏“负数”——“手工开具”，录入原发票信息，然后开具红票即可。

法律依据：

《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条

发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查;发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证;记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。