如果公司在与劳动者签订劳动合同时约定了具体的绩效工资标准，那么公司通过绩效考核来扣除绩效工资是合理合法的；如果合同中没有约定，那怎么扣都是违法的。
一、绩效考核制度的制定：
1、如果劳动者的工资结构中包含绩效工资，必须是双方约定一致的，公司是不能单方面从原有的固定工资中拆分出一部分作为绩效工资；
2、绩效考核的具体考核内容必须合理合法的，这包括考核的指标、标准、结果及相对应的绩效工资浮动机制等内容；
3、绩效考核制度必须要经过民主制定程序及公示，并履行了告知员工的义务。
二、绩效考核结果的应用：
1、绩效考核的结果是必须要员工签字确认表示认同的；如果员工不认同，那么公司是要提供给员工绩效申诉的通道；
2、对于员工认同的绩效结果，在绩效工资扣减上，要和考核制度相对应。
三、公司无故扣除绩效工资的赔偿和补偿规定：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
1、用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金；
2、用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法（2012修订）》第四十七条 【经济补偿的计算】经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。