农村合作医疗当年没报销第二年不能报销，文件规定最好在3个月内报销，有特殊情况最好在6个月内报销，最晚不能超过一年，医疗合作是当年缴费，当年报销，过时就不给报了;且报销时限也是有的，要求在出院10日内办理报销手续，一般情况下，应该是医院结算串钩直接结算的;具体内容如下：
1、参合农民在县内定点医疗机构就诊，不需办理转诊手续;
2、转诊到县外定点医疗机构就诊者，须持县级定点医疗机构的诊断和转诊证明报县合管办审批;
3、经批准登记并在出院10日内持有关证件到县合管办按照市级或市级以外就诊执行补助，否则不予补助;
4、为照顾到部分参合农民在县外就诊后因跨年度的原因不能及时按照要求返回县内进行补偿，该县每年都会将跨年度补偿的时间延后至本年度的2月底。

法律依据

《关于做好2016年新型农村合作医疗工作的通知 》
（四）统一医保目录。
统一城乡居民医保药品目录和医疗服务项目目录，明确药品和医疗服务支付范围。各省（区、市）要按照国家基本医保用药管理和基本药物制度有关规定，遵循临床必需、安全有效、价格合理、技术适宜、基金可承受的原则，在现有城镇居民医保和新农合目录的基础上，适当考虑参保人员需求变化进行调整，有增有减、有控有扩，做到种类基本齐全、结构总体合理。完善医保目录管理办法，实行分级管理、动态调整。

法律依据

《关于做好2016年新型农村合作医疗工作的通知》通知 （四）统一医保目录。 统一城乡居民医保药品目录和医疗服务项目目录，明确药品和医疗服务支付范围。各省（区、市）要按照国家基本医保用药管理和基本药物制度有关规定，遵循临床必需、安全有效、价格合理、技术适宜、基金可承受的原则，在现有城镇居民医保和新农合目录的基础上，适当考虑参保人员需求变化进行调整，有增有减、有控有扩，做到种类基本齐全、结构总体合理。完善医保目录管理办法，实行分级管理、动态调整。