卫生许可证在卫生行政部门办理，有卫生行政部门发放卫生许可证。我国法律规定，卫生行政部门发放卫生许可证，必须严格按照法律、法规和规章规定的权限、范围、条件与程序，遵循公开、公平、公正、便民原则。

具体办理流程如下:1、申报：申请单位提出书面申请，填写《卫生许可证申请书》或《卫生许可证变更申请书》并递交符合卫生要求有关材料(材料要求见后)。2、登记：依照卫生许可受理规定和公共场所许可的条件，对属于受理范围的申报材料进行核对、登记。新建、改建、扩建公共场所应按照预防性卫生监督工作程序，先办理建设项目卫生审查认可，按审核批准的内容施工，工程竣工后申办建设项目竣工卫生验收认可，再申报办理《公共场所卫生许可证》。3、受理：经对申报材料审查后，卫生行政部门在5个工作日内对符合受理规定的发放《行政许可受理通知书》;不符合受理规定的发放《行政许可不予受理决定书》;对于资料不全的，发出《行政许可补正材料通知书》。4、审查：卫生行政部门受理申请后，组织业务人员按照卫生法律法规及国家卫生标准要求，对申报材料进行审查，对经营场所现场进行审核，存在问题的，提出整改措施和意见。5、决定：卫生行政部门自受理申请之日起二十日内，根据审查意见，对符合规定的，准予行政许可;不符合规定的，作出不予行政许可决定。6、送达：卫生行政部门作出准予行政许可决定的，自作出决定之日起十日内向申请人颁发、送达《公共场所卫生许可证》。

法律依据

《食品卫生许可证管理办法》第二条 任何单位和个人从事食品生产经营活动，应当向卫生行政部门申报，并按照规定办理卫生许可证申请手续;经卫生行政部门审查批准后方可从事食品生产经营活动，并承担食品生产经营的食品卫生责任。第三条 地方人民政府卫生行政部门遵守本办法，对食品生产经营者发放卫生许可证。第四条 食品添加剂、保健食品和新资源食品生产企业生产活动的卫生许可，由省级卫生行政部门发放卫生许可证。 其他食品生产经营者生产经营活动的卫生许可证由省级、设区的市级、县级卫生行政部门根据《关于卫生监督体系建设的若干规定》确定的职责范围发放。地方性法规或省级人民政府规章对发放卫生许可证的卫生行政部门级别做出明确规定的，依照其规定。