目前仍应适用诉讼时效。
诉讼时效的适用范围为债权及其救济权，既然土地承包经营权具有债权的性质，那么就有适用诉讼时效的必要性，以促进土地承包经营权人及时行使权力，避免法律上的权利义务关系与事实上的利益关系长期脱节，以稳定社会秩序。同时，也降低诉讼中的证明费用，从而降低诉讼成本。土地承包经营权具有的这种债权属性，是理论上其适用诉讼时效的决定性因素，也是司法实践当中土地承包经营权适用诉讼时效的依据。
当然在司法实践中，由于许多地区没有签订书面土地承包合同，土地承包经营权受到侵害的时效起点难以确定等等情况，对保护土地承包经营权人的合法权利不利。而当土地承包经营权实现完全物权化时，承包经营权人采用物权的保护方法行使物上请求权，则可以避免这一不利于土地承包经营权人的状况发生，因为物上请求权通常适用于诸如土地承包经营权等各种继续性的侵害行为。但是这有待于法律对此作出更为明确的规定，目前对关于土地承包经营权的纠纷仍以适用诉讼时效为宜。