1、借款本金的处理
根据《合同法》第58条规定，借款合同被确认无效后，借款人从贷款人处取得的借款本金应当向贷款人返还。由于借款合同项下的借款本金的返还是金钱债务的范畴，而金钱债务原则上必须履行，所以借款合同被确认无效后，借款人必须向贷款人返还依合同取得的借款本金，而不能适用损害赔偿予以替代。
2、利息的处理
《合同法》总则没有对借款合同被确认无效后利息如何处理作出明确的规定。而实践中，对无效借款合同项下的利息处理一直都是沿用最高人民法院《联营纠纷解答》第４条第２项的规定，即“除本金可以返还外，对出资方已经取得或者约定取得的利息应予收缴，对另一方则应处以相当于银行利息的罚款。”其后，最高人民法院亦曾对此作过强调。
3、补充说明
在司法实践中，有的法院并未完全适用最高人民法院的上述规定，而是根据各地实际情况作了不同的处理。如有的法院对企业之间利用自有资金进行借贷的案件一般仅判决借款人返还借款本金，而且对约定的利息既不进行追缴，也不进行处罚，如果约定的利息高于中国人民银行规定的贷款利率，仅确认超出部分不予保护。有的法院则不对借贷双方进行处罚，对利息也不予保护，即判决借款人仅归还借款本金，对已经支付的利息充抵借款本金。这些做法有一定的合理之处，符合经济发展的现实要求，也符合平衡双方当事人权利义务的需要。