不合法，可以先与公司协商，处理不成可以直接到当地法院起诉公司。旷工一天扣三天工资，属于克扣工资的行为，侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利，严重违反了公平原则。根据《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十九条规定：用人单位根据《劳动法》第四条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。根据《劳动法》第四条：用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。