注销他项权证后被房管局收回的流程是：一般情况下，银行会有专门的机构代理抵押登记手续，办好他项权利证后会交给银行，然后购房者就可以拿回房产证了，所以，并不是贷款还完才能拿到房产证哦!银行不是扣的房产证而是他项权利证，但是房产证上会备注贷款尚未还清的情况以及加盖抵押登记的印章。如果贷款全部还清了，购房者需要带着银行开具的贷款结清证明去房管局做变更登记，同时解除房屋抵押，撤销他项权利证。