只要不违反法律的禁止性和限制性规定,且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

【法律依据】

《合同法》第77条规定，双方协商一致，可以对合同进行变更。补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。