公司股权变更程序的流程如下：

1、领取《公司变更登记申请表》；

2、变更营业执照(填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件)到工商局办证大厅办理；

3、变更组织机构代码证；

4、变更税务登记证(拿着税务变更通知单到税务局办理)；

5、变更银行信息。