如果修路征地补偿协议书发生争议的话，肯定是需要协商解决的，双方当事人都在场的情况下，可以就修路征地补偿协议重新草拟一份协议书。

【法律依据】

根据《公路安全保护条例》第十一条，县级以上地方人民政府应当根据保障公路运行安全和节约用地的原则以及公路发展的需要，组织交通运输、国土资源等部门划定公路建筑控制区的范围。