铁路建设征地拆迁补差专项资金使用流程：

(一) 资金拨付申请。铁路建设征地拆迁项目融资首笔资金拨付时，应提供征地拆迁、拆迁补偿合同、支付明细、评估报告及影视资料等。

(二) 资金拨付审核。市城投公司自收到项目管理单位提出的资金拨付申请及相关文件之日起，会同政府有关部门2-5个工作日内完成审核工作。

(三) 资金拨付。

【法律依据】

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。