货物运输合同纠纷的原因：

(1) 单证纠纷；

(2)货物损失、灭失的纠纷；

(3)延迟交付纠纷；

(4)运杂费纠纷；

(5)运输工具损害纠纷。

【法律依据】

根据《合同法》第113条规定，违约损失应当包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同所造成的损失。