企业改制股权确认纠纷的解决办法：当事人可以通过和解或者调解解决，调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

【法律依据】

《中华人民共和国合同法》第一百二十八条，当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。