企业申请土地使用权的方式有：

1、以出让或转让方式取得土地使用权。即采用出让方式从国家土地管理部门取得土地使用权，也可通过转让方式从其他土地使用权持有者手中取得土地使用权。

2、折价入股。包括公司的发起人将自己通过出让或转让方式取得的土地使用权折价入股和国家直接将一定年限的土地使用权折价入股。

3、公司以租赁方式取得土地使用权的常见形式包括：向股东租赁、向土地管理部门租赁和向其他土地使用者租赁。

【法律依据】

《土地管理法》第十二条，依法改变土地权属和用途的，应当办理土地变更登记手续。