事实上的企业劳动关系处理方法如下：

1、及时同劳动者签订书面劳动合同。

2、对不愿订立劳动合同的员工，要立即发出《劳动合同限期签订通知书》。

【法律依据】

《劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。