员工拒绝接受与传染病有关的预防控制措施的用人单位能解除劳动合同，若劳动者因拒绝接受有关传染病的调查、检验、采集样本、隔离治疗等预防控制措施，构成以危险方法危害公共安全罪、妨害公务罪等刑事犯罪，并被依法追究刑事责任的，用人单位可依法解除。

【法律依据】

根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。