对于确诊新型冠状病毒感染的肺炎的员工，企业不需要支付发生的医疗费用。在基本医保、大病保险、 医疗救助等社保基金按规定支付后；

个人负担部分由财政给予补助，实行综合保障。所以，企业不需要垫付或支付确诊新型冠状病毒感染的肺炎的员工的医疗费。

【法律依据】根据《传染病防治法》第四十一条，对已经发生甲类传染病病例的场所或该场所内的特定区域的人员，在隔离期间，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。