商品房买卖合同补充协议是合法的。

【法律依据】

《合同法》第五十二条【合同无效的法定情形】有下列情形之一的，合同无效：

(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;

(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;

(三)以合法形式掩盖非法目的;

(四)损害社会公共利益;

(五)违反法律、行政法规的强制性规定。