国有企业合并程序：
1.参与合并的国有企业在合并前，应各自按规定向政府主管部门提出书面报告，并报主管财政机关备案，其中涉及有关财务事项的，需报主管财政机关审批。
2.合并的报告经批准后，通过产权交易市场或直接谈判，寻找潜在的合作伙伴，商谈合并的有关事宜。
3.经批准被合并的国有企业，应对其固定资产、流动资产、无形资产、长期投资以及其他资产进行全面清查登记，对各项资产损失以及债权债务进行全面核对、查实。在此基础上，被合并国有企业应编制资产负债表、利润表和利润分配表，连同财产清册一并报主管财政机关审批。
4.被合并国有企业应在财产清查的基础上，按国家有关规定，由法定资产评估机构对其财产进行估价，报国有资产管理部门审批、确认。
5.被合并国有企业应以评估确认的净资产为依据，综合考虑国有企业职工、资产及债权债务状况等因素，合理核定国有企业产权转让底价。
6.被合并国有企业的产权转让成交价，由主管财政机关会同国有资产管理部门确认。产权转让的成交价低于底价的，必须报主管财政机关和国有资产管理部门审核、批准。
7.合并成交后，合并国有企业和被合并国有企业的所有者代表，签署产权转让协议，包括价款的支付方、付款日期等。合并国有企业的应付价款一般应在合并程序终结日一次付清。如数额较大，一次付清确有困难的，在取得担保资格人担保的前提下，可以分期付款，但付款期限不得超过三年，在合并终结日支付的价款不得低于被合并国有企业产权转让成交价款的50％。
8.办理产权转让的清算及法律手续。被合并国有企业的产权转让成交后，应编制合并成交日的财务报表，报其主管财政机关备案。合并国有企业接收被合并的企业的各项资产和债权债务后，应及时组织入账，并编制合并成交日的财务报表，报送主管财政机关审批。
在企业合并协议报经有关部门批准后，不论采用何种合并方式，由于合并后企业的股本数量、经营规模和经营范围都发生了变化，必须向工商行政管理机关办理变更登记，并向税务机关办理税务变更登记。在吸收合并和新设合并的情况下，被解散的企业，还必须向工商、税务机关办理注销的登记手续。
法律根据：《中华人民共和国公司法》第一百七十四条规定，【公司合并债权债务的承继】公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。