公司擅自罚款不合法，但法定条件下，公司可向员工索要经济损失赔偿金或违约金。
一、公司不具有罚款权力
1、用人单位并不享有对劳动者罚款的权利。
罚款，在一定意义上说，就是剥夺公民的财产权。因此，罚款属于财产罚的范畴。
根据立法法及行政处罚法的相关规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定，目前法律并未赋予企业罚款权。
2、用人单位对劳动者的罚款没有法律依据。
国务院于1982年4月10日颁布的《企业职工奖惩条例》（国发[1982]59号），虽然规定了企业对职工给予行政处分和经济处罚的适用情形，但该条例已于2008年1月15日由国务院令第516号宣布废止，因此，用人单位对劳动者的罚款已没有相关的依据。
对于劳动者违反公司规章制度的处理：
虽然《劳动合同法》等相关法律不允许用人单位对劳动者罚款，但用人单位也并非没有救济途径维护自身的合法权益。
在现行法律框架内，用人单位有权以合法的方式对劳动者进行日常考核及管理，具体方式包括细化工资标准、考勤措施、记过、警告，甚至在严重损害用人单位利益的情况下，用人单位可以单方解除劳动合同，并要求劳动者赔偿损失。
法律规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
对员工罚款的法律后果：
1、退还罚款。
既然用人单位不可以对员工进行罚款，如果进行了罚款，就应当将罚款退还给员工。
2、支付经济补偿。
如果进行了罚款，而罚款通常是在劳动者工资中直接扣减的，如果罚款被认定成违法，那么会被认定为是未足额支付劳动报酬，而《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者有权提出解除劳动合同，并依据第四十六条要求支付经济补偿。
如果是在规章制度中规定可以对劳动者进行罚款，劳动者可以《劳动合同法》第三十八条，用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，提出解除劳动合同，并依据第四十六条要求支付经济补偿。
二、公司有经济索赔权利
1、员工给公司造成经济损失
《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
《江苏省工资支付条例》第十二条第二款第(四)项规定，劳动者提供了正常劳动，但其给用人单位造成经济损失，用人单位按照劳动合同的约定以及依法制定的规章制度的规定需要从工资中扣除赔偿费的，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
从以上规定可以看出，因劳动者原因给用人单位造成损失的，可以从工资中扣除赔偿费用，这里并不是对劳动者的处罚，而是对损失的赔偿。
再比如，《劳动合同法》第八十六条规定，因劳动者过错导致劳动合同无效，给用人单位造成损害的，劳动者应当承担赔偿责任。
第九十条规定，劳动者违法解除劳动合同，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
这里都是对造成损失的赔偿，而非罚款。
2、违约金
《劳动合同法》第二十六条第二款规定，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。第二十三条第二款规定，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
以上规定虽然也涉及劳动者向用人单位支付款项，但并不是用人单位对劳动者的处罚，而是劳动者的违约行为向用人单位支付的违约金。

法律依据

《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。