员工拒不缴纳社保是违法的。
参加社会保险是用人单位和劳动者的法定义务。不管用人单位采取什么办法、什么借口，也不管用人单位与劳动者如何约定，只要没有为劳动者依法缴纳社会保险费，都属于违法行为。在法律范畴内，依法参加社会保险，没有任何变通形式，劳动者个人无权自主决定放弃社会保险。
劳动者不配合用人单位缴纳社会保险费的行为，本身就是逃避这项法定义务，影响了劳动合同的正常履行，由于我国的劳动合同解除情形是法定的，法律并未规定员工不愿缴纳社保而可以解除合同，因此对于员工不配合用人单位缴纳社会保险费的行为，可以进行以下操作：
1、试用期录用条件的限制，对于不愿意缴纳社会保险的员工，企业可以在员工手册中作为录用的条件之一，可以规定“不愿意缴纳社会保险”或者“在规定的期限内未能提交企业办理社会保险需要的材料”等作为企业试用期录用的条件。将不能或不愿提交办理社会保险登记手续所需材料或手续的情形规定为不符合录用条件情形之一，这样在试用期如出现此类问题，按不符合录用条件解除。
2、将不能或不愿提交办理社会保险登记手续所需材料或手续的情形规定为严重违纪的情形之一，如出现此类情形，即便没有试用期的，也可以按照严重违纪解除劳动合同。
3、协商解除劳动合同，对于已经过了试用期的不愿意缴纳社保的员工，企业规章制度有没有约定的，企业一般是不能直接以员工不愿意缴纳社会保险为由解除劳动合同的，最好的方法是企业与员工进行协商，解除双方之间的劳动合同。

法律依据

《中华人民共和国社会保险法全文》第六十条 用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。