疫情防控期间设卡拦截的行为是否合法需要视情况而定，防控措施只能由政府及其相关部门依法实施，其他单位和个人不得未经批准擅自采取设卡拦截、断路堵路、阻断交通等侵害公民合法权益的行为在新型冠状病毒肺炎疫情高发时段，违法行为人因拒不执行人民政府在紧急状态下发布的决定、命令，其行为触犯了《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条第一款第一项之规定涉嫌妨害社会管理，在疫情防控工作期间，对辖区内阻碍疫情防控的违法行为，不听劝阻的，一律依法予以行政拘留，行为构成刑事犯罪的，依法追究刑事责任。