不合法。
住房公积金，是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工缴存的长期住房储金。
公司只要与劳动者建立了劳动关系，就必须自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记，这是与户口是否是农村户口没有关系的。
可以让公司补交。可以向住房公积金管理中心投诉举报。
《住房公积金管理条例》
第十五条单位录用职工的，应当自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。
单位与职工终止劳动关系的，单位应当自劳动关系终止之日起30日内到住房公积金管理中心办理变更登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户转移或者封存手续。
第三十七条违反本条例的规定，单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款。
第三十八条违反本条例的规定，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。