恶意串通的合同认定方法如下：

1、当事人双方是出于故意。因恶意串通而成立的合同的当事人都是故意的，这种故意的本质在于通过损害他人的利益来获取自己的非法利益。

2、恶意串通的合同是为牟取非法利益。当事人订立恶意串通的合同的目的就是为了取得非法利益。这种非法利益可以又不同的表现形式。

【法律依据】

《合同法》第五十二条，有下列情形之一的，合同无效：

（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；

（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；

（三）以合法形式掩盖非法目的；

（四）损害社会公共利益；

（五）违反法律、行政法规的强制性规定。