控告检察院违法办案的方式主要有以下几种：

1.向该院院领导写信反映;

2. 通过网评提出意见；

3. 向他的同级、上级纪检监察机关或上级人民法院、人民检察院进行举报。

在刑事案件办理过程中检察院这个环节如果出错，会严重影响各方的公平。对于违法人员，纪检部门可以警告、记过或者撤职是处分，违法情节恶劣，构成渎职犯罪的话，法院还会追究当事人刑事责任。

【法律依据】

《刑法》第397条规定，国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。 国家机关工作人员徇私舞弊，犯前款罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。