公司股权合作合同的违约金比例最高是主合同标的额百分之二十。根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国担保法》若干问题的解释第一百二十一条，当事人约定的定金数额超过主合同标的额百分之二十的，超过的部分，人民法院不予支持。
