运输企业因疫情原因导致运输成本超过了运费，可以要求追加运费。双方协商变更合同即可。

【法律依据】

根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》(情势变更)第二十六条：合同成立以后客观情况发生了当事人在订立合同时无法预见的、非不可抗力造成的不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于一方当事人明显不公平或者不能实现合同目的，当事人请求人民法院变更或者解除合同的，人民法院应当根据公平原则，并结合案件的实际情况确定是否变更或者解除。