区别如下：

1.性质不同。竞业禁止义务是一种约定义务，竞业禁止义务来源于劳动者和用人单位在劳动合同中的约定。保密义务则是一种法定义务。

2.限制的行为不同。

3.生效条件不同。竞业禁止协议是以用人单位向劳动者支付经济补偿金为生效条件。保密协议的生效并不以用人单位向劳动者支付经济补偿金为前提条件，保密协议一般自双方意思表示达成一致，双方签字或盖章即生效。

【法律依据】

《劳动合同法》第23条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。