在劳动关系中，如果公司与员工发生纠纷的，可以先协商处理，协商不成的，可以向劳动监察大队进行投诉，或者可以申请劳动仲裁的。

劳动监察大队是隶属于人力资源和社会保障局的事业单位，承担人力资源和社会保障局授权委托的指导开展劳动保障监察工作的行政职能和负责劳动保障监察经办工作。

仲裁是解决平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷的一种方式。劳动争议仲裁是仲裁制度中的一种，旨在解决劳动纠纷。劳动争议仲裁机构包括劳动人事争议仲裁委员会及其办事机构、仲裁庭以及仲裁员。劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。书写仲裁申请确有困难的，可以口头申请，由仲裁委员会记入笔录，经申请人签名或者盖章确认。劳动仲裁申请书的内容应当包括：原告和被告的身份信息；仲裁请求和所根据的事实、理由；证据和证据来源、证人姓名和住所。最后签名，写下申请日期，有法定代表人的附上法定代表人身份证明。仲裁庭应当在开庭5日前将开庭日期、地点书面通知双方当事人。当事人有正当理由的，可以在开庭3日前请求延期开庭。是否延期，由劳动人事争议仲裁委员会决定。仲裁庭在正式审理之前，应首先在当事人之间进行调解，达成调解协议的，制作调解书结案。当事人不同意调解的，继续审理。

所以，劳动者与用人单位发生劳动纠纷的，可以采取以上方式进行处理的。

法律依据

《中华人民共和国劳动法》第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。

《中华人民共和国劳动法》第七十八条 解决劳动争议，应当根据合法、公正、及时处理的原则，依法维护劳动争议当事人的合法权益。

《中华人民共和国劳动法》第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。