公司设立协议应当注意下列问题：
1.注意审查股东资格由于全体股东要对发起设立公司的行为承担连带责任，所以一定要审查好股东的资格。
2.明确出资额及出资方式。
3.明确约定出资的时间及财产权的转移手续等问题。
4.明确约定股东责任。《公司法》第27条，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。