检察院的自侦案件的批捕权依然由检察院决定。对于属于检察院管辖的刑事侦查案件，检察院内部的刑事侦查机构应按照《刑事诉讼法》中所对公安机关侦查刑事案件的相关规定执行，对于犯罪嫌疑人认为需要逮捕的，仍应报检察院内部的批捕科（处）来要求批准逮捕，由检察院作出批准逮捕的决定后，再交由公安机关执行逮捕。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第3条，对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。